由於未知病毒的大規模流行、地殼運動,以及隕石群的突然降落,人類的活動范圍被嚴重地限制、縮小。當舊有的人類終于從天災人禍中恢復過來的時候,發現自己生存的七個都市之外,已經是廣大的未探索的荒野,也就是所謂的「新大陸」……  　　謝巴赫肯博士,人類首屈一指的金頭腦,抱著對新大陸及其生態系統的無限好奇,發起和組織了新大陸探險隊,在這片舊人類眼中的未開發地區上,開始了奇妙的探險。  　　在這里,他遇到了與自己在性格和思想上都截然相反的警備班長村上靜馬,並且在一個巧合的情況下,與村上形成了配偶性的體質。  　　而正所謂亂上添亂,新大陸人發現博士和魔神有著相同的外表,抱著仇恨對探險基地展開了攻擊。與此同時,魔神藍恩出現在基地周圍,提出「原獸文書」 的話題意欲帶走博士……