在遙遠的未來,銀河的盡頭。人類正與異形的怪生命體展開生存之戰。在激戰中,少年兵雷德與其乘坐的人型機動兵器Chamber 一起被吞入了不明的時空。 地球此時已經是一片汪洋,地球上的人類們靠乘坐巨大的船隻移動,同時不斷地打撈著舊文明留在海底的物品生存。被船隊搭救的雷德登上了其中一艘大船Gargantia,而由於語言、文化、習慣等的不同,雷德對未知的環境感到非常困惑。但無可避免的,他必須去學會如何與Gargantia上的人們共同生活,其中還包括少女艾米。 於是。不同於戰斗的,充滿驚喜的翠星生活開始了！