在地球遙遠的未來,由於火星附近出現了巨大的能量體,使地球發生了各種變異,從而引發了全球性的戰爭和恐怖主義,地球在毀滅性的打擊下離滅亡只剩下100年。為了趕在100年內離開地球,人類制定了「地球脫出計劃」。而為了實現這個計劃,又建立了「地球統一政府」以打壓異己和集中一切可利用資源;另一方面,為了解決人類智慧和肉體的局限性以保證計劃的延續性,又制定了「地球脫出計劃」的核心「Felix計劃」——通過基因改造,獲得高智能的長生不老的生命體,即「Felix」。本作的女主角紫苑（シオン）即為其中一名Felix。國際性戰爭結束后,原特殊部隊成員榛名亮被派往第703研究所,與紫苑邂逅。而亮的任務就是守護這個為「地球脫出計劃」奉獻了一生的少女,以及限制她的自由,還有守護她前往死亡的樂園……