學園都市制宇宙升降機「恩底彌翁（Endymion,希臘神話中的恩底彌翁:埃特里俄斯俊美的兒子,為月亮女神塞勒涅所鐘愛。）」。　　就在這個設施即將完成之際,上條與茵蒂克絲同無能力者（LEVEL0）少女·鳴護阿莉莎相遇了。　　茵蒂克絲與阿莉莎在名為「旺盛食慾」的謎團上找到了共同語言,因此意氣相投。就在三人于放學后遊玩時,遭遇了帶著魔法師而來的史提爾發起的突然襲擊。其目標,便是阿莉莎。為什麼身為科學側一方的她會遭遇魔法側的襲擊？在遭遇魔法側強襲后,學園都市一側,女性領袖·夏特阿舞拉所率領的安保部隊展開了行動。　　就在上條與茵蒂克絲,以及阿莉莎被捲入進的狀況弄得雲里霧里時,史提爾這么說道：　　「那兒的妹子,可能會引發魔法側與科學側之間的戰斗」　　科學與魔法交會之時,以「恩底彌翁」為舞臺的故事開始了——