因事故而失去雙親的有里湊,因為家庭原因轉校到「私立月光館學園」的高中部。 在入住學生宿舍后不久,他就被奇形怪狀的怪物Shadow襲擊,令隱藏在他體內 Persona的能力覺醒。因為這個契機,有里湊被迫得知這個被掩蓋的世界真實的一端。 那就是「影時間」。 在月光館學園理事長幾月修司領導下,少年少女們組成了「特別課外活動部」。 有里湊則成為特別課外活動部的隊長,與危害人類的Shadow作戰。