故事發生在二十一世紀末的日本。魔法,這不是一個傳說,而是現代科學的一項技術,它被應用至今已經過了一個世紀。曾經被稱為「超能力」的先天具有的能力被以「魔法」這個名字的體系替代,高超的的魔法師被認為是國家的實力。西歷 2095 年的春天,新生入學的季節。國立魔法大學附屬第一高校——通稱「魔法科高校」,是由成績優秀的「一科生」,和作為一科生替補的「二科生」所構成,他們也各自被冠上了「花冠（bloom）」,以及「雜草（weed）」之名。就在這樣的魔法科高校里,一對兄妹入學了。兄長是,擁有著缺陷的劣等生。妹妹是,完美無缺的的優等生。無論什麼事都抱著達觀態度的劣等生兄長,和對他抱著作為血親以上感情的優等生妹妹。隨著這兩人進入這間精英學校的大門,這平穩的學院,也開始了騷亂的日常。