出身地球圈的少年托比亞'阿羅納克斯與他的同伴們,正為有生以來第一次如此接近木星而興奮不已,他們作為地球——木星文化交流與促進而派遣的留學生,將迎接在木星軌道殖民地區的生活。　　然而,就在進入木星重力圈的時候,凄厲的警笛忽然響徹整條客船,驚愕的少年們可以從舷窗直接看到,來襲者是在巨大海盜旗艦帶領下的的神秘MS部隊。而且,其中有黑、白兩架背上有X型助推器的高達型MS,更是出奇地強悍,氣勢奪人。　　眼看著護航的MS節節敗退,機械工學社出身的托比亞忍不住開啟艦內的一架MS出擊迎敵。但在海盜高達壓倒性的強大能量與高性能面前完全不是對手,瞬間便被擊毀,不過托比亞發現海盜們並不去殺害那些失去MS的機師們,就連為首的那架剛交過手的白色高達也同樣放他逃回船內。　　進入母船,托比亞才發現自己誤進了貨艙,但也正因為這一判斷錯誤,令他發現了一件恐怖的事情：貨艙中裝滿了武器與劇毒瓦斯!同時得知自己所尊敬的導師卡拉斯先生,竟是策劃這一行動的主謀,並且從卡拉斯口中得知,木星圈的陰謀家們,正企圖以木星帝國之名,掀起一場巨大動亂,從而毀滅地球聯邦。　　正當卡拉斯要將托比亞滅口的千鈞一發之際,白色的海賊高達出現將托比亞救出,並把他帶到了海盜旗艦「十字先鋒」號上。　　雖然已接連經歷了一連串令人驚異的事件,但在海盜旗艦上聽到的消息仍令托比亞難以置信：宇宙海盜的船長,居然是出身十字宙貴族世家,十年前作為反貴族主義女革命家而名動四方的貝拉·羅納(塞茜莉),駕駛白色高達的王牌機師金克杜,便是當年駕駛F91的著名少年戰士西布克,至於另一位駕駛同型黑色高達的于牌,竟是當年西布克的勁敵,死亡先鋒軍中黑色精英隊的隊長薩比尼。至於西布克與薩比尼所乘的強力機器人,其正式編號為F97,通稱海賊高達或者X高達。這些在記載中早已死亡的人,如今為阻止木星帝國的野心,正在歷史的背後不為人知地持續著戰斗。　　然而,海盜們的路途遠比想像中要崎嶇壩坷得多：薩比尼在自己的野心驅使下又一次與貝拉及西布克為敵;木星帝國的「黑色旋風隊」等精銳戰士亦駕著新型MS、MA擋在海盜們的前方;另外,托比亞在旅途中所救助的少女貝爾娜蒂特,竟然便是木星帝國領導者的血親……　　終于,在西布克、托比亞和同伴們的努力下,木星帝國的野心化為泡影,人類史上又一場空前的戰亂得以避免,不過,歷史上關于海盜高達及其勇敢的機師們之記載,幾乎沒有流傳下來…