本故事圍繞著五位魔法少女的成長與冒險展開。就讀市立見瀧原中學二年級的少女鹿目圓是個出生於良好家庭,有哭有笑,誰都擁有的日常生活的女孩。有一天。一名神秘轉學生曉美焰的出現,讓小圓開始改變了自己的命運。小圓和朋友在回家途中發現一隻暗中喊求救人話的神秘生物,已經傷痕累累。追殺這個神秘生物的人,竟然是小圓認識的神秘轉校生曉美焰。之後遇上小圓的同校學生巴麻美后,神秘生物透露出自己的身份。自稱是「丘比」的神秘生物要少女們「和我訂下契約成為魔法少女吧」。但現實遠比小圓所想的越來越殘酷,魔法少女的真相一再沖擊著小圓想成為魔法少女的想法……