主人公直枝理樹幼時父母雙亡,陷入絕望之中。而將他從中拯救出來的則是名為Little Busters的少年們：棗恭介、井ノ原真人、宮沢謙吾、棗鈴（鈴。。。少年！？） 他們領他走到外面的世界,帶他學壞,然後不斷接受懲罰。 雖然他們像傻瓜一樣且老是被人報復,但過得非常快樂。與他們在一起,寂寞和痛苦終于不復存在了。 時光飛逝,他們進入了同一所學園,今年是二年級生。現在他們也在恭介的提案下,繼續做著傻瓜,奔跑在青春之下。