A.D.2009,在經歷了和巨大異星人Zentraedi(ゼントラーディ)的那場近乎導致人類滅亡的星間戦爭之後,倖存下來的人類和Zentraedi彼此融合,開始了以種族延續為目的的銀河播種計畫。　　A.D.2059,人類為尋求可居住的惑星,不斷在銀河系中探尋新天地。　　載有千萬人的超長距離移民船團Macross Frontier(25番),航行於銀河系中心附近。　　與Frontier臨近的21番移民船團Macross Galaxy(マクロス·ギャラクシー)上在住之現役偶像歌手Sheryl Nome(シェリル·ノーム)為舉行Live來到Frontier。Ranka Lee(ランカ·リー)在去Live途中邂逅作為飛行員養成生的Alto(早乙女アルト),三人的不期而遇,彼此的命運從此相互牽系！　　而此時,Frontier遭遇不明敵人的強力攻擊,移民船團上的人們又將何去何從？新的Macross物語即將展開！！！