本作的時間為西歷2074年,也就是前作3年後,世界依然在謎之生物「荒神」的威脅之下。作為芬里爾本部直屬研究機關「夫萊亞」所屬的特殊部隊「BLOOD」的一員,主人公來到了極東地域。在這里,因為最近開始下的謎之血雨而產生了狂暴化的「感應型荒神」,另外,這里的人們染上了一種不治之病……「黑蛛病」在這個被荒神蹂躪的世界,為了守護人們的幸福而戰斗的兵士們,他們各自的選擇將會帶來什麼樣的命運？在這個沒有神的世界,沒有終結的戰斗再次打響了。